表观遗传漂移是表观遗传时钟信号的基础

导读 一篇新的研究论文发表在《Aging》(被 MEDLINE/PubMed 列为Aging (Albany NY)和 Web of Science 的Aging-US)第16 卷第 2 期,标...

一篇新的研究论文发表在《Aging》(被 MEDLINE/PubMed 列为“Aging (Albany NY)”和 Web of Science 的“Aging-US”)第16 卷第 2 期,标题为: “表观遗传漂移是表观遗传时钟信号的基础,但对寿命干预、发育和细胞去分化表现出不同的反应。”

在整个生命树中观察到 DNA 甲基化随着年龄的变化。可以对这些变化的刻板性质进行建模,以产生能够以前所未有的准确性预测实际年龄的表观遗传时钟。尽管表观遗传时钟具有预测能力及其在临床应用中作为生物标志物的实用性,但产生时钟信号的基本过程尚未完全解决,这限制了它们的可解释性。

在这项新研究中,乔治亚大学的研究人员Emily M. Bertucci-Richter、Ethan P. Shealy和Benjamin B. Parrott开发了一种计算方法,可以在空间上解决 DNA 甲基化模式中的读段内变异或“无序”,并测试是否DNA 甲基化紊乱中与年龄相关的变化是构成表观遗传时钟的信号的基础。

“在这里,我们应用新颖的基于读取的策略来解决整个小鼠基因组中与年龄相关的表观遗传疾病。”

研究小组发现表观遗传时钟位点在随着年龄的增长而积累和失去紊乱的区域中丰富,这表明DNA甲基化紊乱与表观遗传时钟之间存在联系。然后,他们开发了基于 DNA 甲基化模式区域紊乱的表观遗传时钟,并通过研究发育、寿命干预和细胞去分化的影响,将其性能与其他表观遗传时钟进行比较。研究人员发现了典型的表观遗传时钟与基于区域紊乱的时钟之间的共同反应以及关键差异,证明了表观遗传衰老过程的根本脱钩。

“总的来说,我们确定了表观遗传疾病和表观遗传时钟之间的关键联系,并证明了表观遗传衰老的多方面性质,其中非随机基因座发生的随机过程产生可预测的结果。”

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