全球生物多样性数据门户促进全球生物多样性研究

导读 EMBL 的欧洲生物信息学研究所 (EMBL-EBI) 推出了全球生物多样性门户——一个开放访问数据门户,将整合来自地球生物基因组计划内不同生物

EMBL 的欧洲生物信息学研究所 (EMBL-EBI) 推出了全球生物多样性门户——一个开放访问数据门户,将整合来自地球生物基因组计划内不同生物多样性项目的基因组信息。

测序和存储地球上所有物种的基因组数据对于未来的保护和生物多样性工作至关重要。在生物多样性受到各种环境压力威胁的时代,迫切需要集中、可访问且可操作的数据。这些数据使研究人员能够了解使物种独特的遗传因素,包括其在适应不断变化的环境条件方面的脆弱性和优势。该信息还可以直接应用于农业和生物工程;了解植物基因组有助于开发更具弹性的作物和更高效的生物燃料。

“全球生物多样性门户旨在充当‘超级门户’,将全球生物多样性项目的测序数据汇集到一个集中、友好的界面中,” EMBL-EBI 基因组分析团队负责人 Peter Harrison说。“这使得用户可以毫不费力地搜索他们所需的有关他们感兴趣的物种的所有信息。”

“EMBL 致力于在分子水平上了解生物体与其环境之间的复杂关系,” EMBL 行星生物学项目经理 Josipa Bilic Zimmermann说。“全球生物多样性门户以集中且易于访问的方式提供了在地球上不同生态系统中收集的物种的基因组信息。它与行星生物学任务完美契合,因为现有信息有助于生物多样性评估,并且进一步的基因组分析将允许“更好地了解物种进化和适应。支持此类项目对于 EMBL 非常重要,因为生命基因组块的多样性是任何进一步生物学研究的基础。”

全球生物多样性

地球生物基因组计划代表了对地球上所​​有真核生命形式的基因组进行测序、编目和分析的巨大努力。它旨在为不同学科的研究人员提供宝贵的资源。EMBL 的全球生物多样性门户将作为一个综合基因组平台来支持地球生物基因组计划,使从构成这一更广泛计划的众多项目中收集的数据可以在一个地方访问。

Tree 项目负责人 Mark Blaxter表示:“地球生物基因组计划收集的数据支撑了重要的科学见解,这将帮助全球研究人员找到应对一些最大的全球挑战的解决方案,包括气候变化、疾病​​跨物种传播和保护。”威康桑格研究所生命项目主任兼高级小组组长。“使这些物种数据易于访问并向所有人开放是该项目的基本核心,而该数据门户将使之成为可能。”

有用的功能

全球生物多样性门户将通过将基因组数据和元数据结合在一个易于导航和搜索的用户友好界面中,充当生物多样性信息的中心枢纽。

全球生物多样性门户的主要特点:

状态跟踪:可以使用状态跟踪功能来跟踪测序进度,其中包括有关每个物种的公共原始数据、组件和注释的信息。树上的基因组服务跟踪地球生物基因组项目的整体进展,包括在采样和测序发生之前。

搜索灵活性:用户将能够通过常用名称和拉丁名称进行搜索,从而帮助更易于访问的导航。

出版物:使用门户内收集的基因组数据的出版物将被跟踪并列为平台的一部分。

相关项目数据:用户将可以选择访问特定于项目的门户以获取更详细的数据。

用户参与:整个门户提供图像和物种信息,使非科学受众可以轻松浏览和了解有关不同物种的更多信息。

哈里森说:“我们希望通过整合整体数据来继续发展该门户,包括收集样本的详细位置,包括气候和地理信息。” “我们还希望纳入 IUCN 受威胁物种红色名录中的数据,以提供有关特定物种濒危状态的信息,从而为我们的用户增加更多价值。”

可扩展的数据访问

该门户旨在为科学和非科学界提供服务,并提供用户友好的选项来搜索与感兴趣的物种相关的数据。其强大的搜索功能与动态过滤选项相结合,意味着无论您是寻找特定测序数据的基因组学专家,还是对栖息地分布感兴趣的保护主义者,该门户都可以提供可定制的搜索体验,将最相关的数据带到您的指尖。

全球生物多样性门户背后的系统旨在转换和标准化数据,从而实现不同来源和项目的数据协调。该系统每天更新多次,自动扫描各种数据库以尽可能保持信息最新。该门户在设计时还考虑到了可扩展性,无论是在处理的数据量方面还是在全球生物多样性倡议开始加强时需要支持的用户数量方面。

柏林莱布尼茨动物园和野生动物研究所组长兼欧洲参考基因组图谱创始主席卡米拉·马​​佐尼 (Camila Mazzoni) 表示:“该门户代表了科学界的重大进步,为访问和共享重要基因组数据提供了一个全面的平台。” (ERGA)。“我们在 ERGA 的工作一直致力于绘制欧洲物种的基因组多样性图谱,这个新的数据门户将帮助我们在全球范围内拓展我们的视野。通过这种合作努力,我们可以增强对全球生物多样性的理解,将来自各种生态系统,以支持全球更有效、更明智的保护战略。”

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