斯坦福大学的 Bernard Kim 和同事在 7 月 18日出版的开放获取期刊PLOS Biology上报告称，大量新的基因组序列数据填补了果蝇生命之树的重大空白。
果蝇是生物学研究中的经典模式生物，也是首批进行全基因组测序的物种之一。果蝇家族有 4,400 多个物种，其多样性可以为我们了解进化模式和过程提供参考。但这些物种中只有一小部分进行了基因组测序，而且大多数已发表的果蝇基因组序列都来自一组非常有限的物种，这些物种具有代表性的近交实验室菌株。
为了解决这一问题，研究人员对果蝇科 179 种果蝇进行了基因组测序，包括野生果蝇、博物馆保存的标本和实验室饲养的果蝇。他们使用一种结合了最新短读和长读测序技术的混合测序方法，从有限的材料中生成了低成本、高质量的基因组序列。他们利用新的基因组序列和之前发表的数据，为果蝇科 360 种果蝇绘制了系统发育树，加深了我们对这些物种进化关系的理解。他们还比对了近 300 个果蝇基因组，作为未来比较基因组学研究(如全基因组比对)的开源工具。
虽然针对哺乳动物等大型生物的大规模测序工作正在顺利进行中，但这项研究表明，现在可以对单个苍蝇等小型生物(即使是在博物馆保存了长达二十年的生物)进行基因组测序。
作者补充道：“现在完全可以设想组装数百或数千个物种的基因组，甚至仅需一个实验室的研究预算。这种大规模、分支水平的采样将为我们提供前所未有的分辨率，用于研究果蝇等不同群体的基因组序列，这必将提高我们对进化过程的理解。”
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